城市喜鹊的错觉

城市里的喜鹊, 昂首挺胸踱步于橄榄球场的草坪上, 毫不在意跑道上慢跑的人们; 它们喜欢站在树梢及建筑物凸出的位置上, 与同类大声喊叫, 毫不介意吸引人类的注意; 它们还凶狠的赶走旁边任何比它个头小的鸟类, 尤其是麻雀和灰喜鹊. 就算乌鸦来了, 它们也会群起而逐之. 为什么喜鹊这么大胆?



因为它们以为自己站在城市食物链的顶端.

(图片转载自中国鸟类图库)

David Galbraith教授访问我们的实验室

David Galbraith教授访问我们的实验室

Galbraith教授来自University of Arizona, Tuson city. 他是一位植物基因组学方面的专家, 也是一位热衷于享受生活的典型美国人. 他在2000年左右(?)指导我导师的夫人徐老师进行科学研究, 完成了很多植物基因芯片方面先驱性的工作. 据徐老师介绍, Galbraith教授在26岁时就当faculty了!! 可见他是个很能干的人.

Galbraith的来访当然是我们实验室这几天的头等大事. Galbraith教授预定在24日早9:30做一场公开报告. 结果那天不到8:30我就被派去布置报告厅了. 当然报告也要认真听了, 不像上次Assmann教授来做报告而我却陪女朋友去买东西~~后悔~~

教授差不多60多岁, 讲话比较清晰, 没什么让我迷惑的口音. 据说他是英国人, 可根据我从Wallace & Gromit中获得的经验, 发现他几乎没有英国口音. 可能这和他在美国生活很久有关.

在24日上午的报告中, 教授谈了很多我不了解和根本没有听说过的技术, 感觉蛮有前景, 只可惜他的实验室没有计算生物学方面的课题, 遗憾! 在讲到对荧光化细胞核的植物进行观察时,还岔开题讲了一堆很有意思的细胞学现象, 虽然教授的研究领域不涉及细胞学. 因此感觉这人一点都不死板. 这点在我陪同他去爬长城时更为明显.

中午全体实验室与教授在学校餐厅共进午餐, 发现老头使唤筷子的技术还不错. 在去餐厅的路上教授就对立在那片空地上的神农塑像发生了很大兴趣, 问了一堆问题. 他说 "Is he a real person in history?", 我说 "No that's imaginary". 希望没说错!! 吃完饭后老头直奔塑像跟前, 摆好站姿要求与 "God of agriculture" 留影, 呵呵.

下午按照安排, 全体学生加老师与Galbraith教授进行了座谈. 开头由我和老付师兄汇报了工作. 由于头一次用英语进行汇报, 加上没认真准备 (头天晚上写完幻灯片), 我讲得是稀里哗啦的, 没控制语速不说, 还出现难堪的停顿. 实在是缺乏锻炼. 由于所讲内容都是我前半年开发的web server, 教授兴趣并不大, 一边看掌上电脑一边听. 还好我的片子不多, 在把教授弄睡着之前就讲完了.

之后与教授进行讨论. 没有人主动说话! 徐老师不满意, 让我第一个发言. 我谈了一些目前关注中的基因网络动态模拟, 教授对此似乎比较感兴趣. 其他人也都发言, 共谈了有1个半小时. 由于从来不用英语思考, 我感到我的脑袋像要被挖空了似的.

晚饭之后(晚饭我没有参与出席, 溜回宿舍休息了), 我又负责陪同教授回友谊宾馆. 刚上车, 教授就表示了对北京空气质量的忧虑. 当听说我每天跑步时, 他很郑重的对我讲 It is dangerous to jog in such air! 啊~这该死的大气浮尘, 简直是太反常了! 我冲动得差点跟教授大谈观看<后天>之后的悲观感受. (不过这二年天气真得越来越反常!) 相反, 我很正派的向教授保证北京的环境在显著改善, 作为说服性的例子, 我向他讲了北京市政府给我家乡张家口市投了一大堆钱植树来阻挡从内蒙吹来的风沙. 这是以前从我爸那里听来的. 当时我们在高速公路上, 我爸的后半句是 "往窗外瞧瞧, 哪里有什么树~!!" :-)

乱七八糟

发现这FedoraCORE4自带的中文输入法真是不好使唤, 输入的速度比我在手机上用大拇指摁还慢~ 想用英文水平又不够

这两天够忙的, 心情也不太high, 可能是因为忙活半天没做出什么东西来. 投出去的文章等第三条评审意见都快一个月了也不见到. 天气也作怪, 刮两天东风, 紧接这又狂刮两天西风不带给下一点雨. 眼睛好像也越来越不行了, 昨天晚上没带眼镜剪脚趾甲, 竟看不清楚~这以后该咋开车呀! 对了, 驾照年审还没办, 唉~

前几天一直帮一个熟人写程序来完成他硕士论文中的一部分工作, 是从水稻基因组中寻找转座子. 三心二意的写了好几天才完全搞定这个200行. 结果交给那位朋友了, 他非常高兴, 还要我帮他用Indica的基因组作一遍看看区别. 结果这几天一直上不去华大的网站. 真不知道他们又怎么了.



没啥了

有关百元($)笔记本的新闻

罗列一些有关百元笔记本的新闻, 感觉这事情非常热闹 (来自搜狐)

5月17日新闻称, "百元笔记本...不采用Windows系统"
(听说现有机型要采用精简的Red Hat Linux, 挺好!)

5月8日 "微软将为“百元笔记本”开发3美元Windows"

5月7日 "宏基:不开发超低价电脑 百元笔记本不可靠"

5月5日新闻 "印度叫板百元笔记本 拟开发10美元笔记本电脑"

4月23日 "百美元笔记本将成全球规模最大“僵尸网络”"

1月25日 "分析师称"百元笔记本"是具有误导性的项目""

China Bird Gallery 中国鸟类图库

中国鸟类图库
http://www.wwfchina.org/birdgallery/

This is an excellent database of wild bird photographs inside China, hosted by World Wide Foundation for Nature in China: http://www.wwfchina.org/. Thousands of photos are in there covering from most common birds (like sparrow, raven and magpie) to rarely-seen species. Photos are in all range of qualities, some taken using professional equipments, some using point-and-shoot cameras. Indeed, most are clearly visible and quite a portion are in high quality! They are contributed individually by anyone interested to share their common hobby and product.

I selected a few shots of Azure-winged Magpie (Cyanopica cyana), the common bird in Beijing, which I like most.

Just Landing

Dancing In grass field

Babies to feed

A big salary for Perl programmers

Today I got the news that Lincoln Stein, the famous bioinformatics scientist and Perl hacker, offers <= 80K USD to hire a Perl programmer to work as scientific programmer. Their projects are Generic Genome Browser, BioMart, and Reactome database. These are totally open source, Perl-based web servers for systems biology. I bet that Mr Stein got big fund for these.

By the way, Mr Stein is now at CSHL.

I'm wondering if a hardened Perl hacker could do this job as his/her half-time? If so, how fascinating that would be!!

"鸡爪和鸡屎"

记得以前看到一位留洋学者在离开NSF后这样评价他在NSF的工作:
".....再也不用看那些有关鸡爪和鸡屎的基金申请了....."

这句用"鸡爪和鸡屎"来形容那些不着边际\荒诞而毫无意义的研究提议给我留下深刻印象, 以至于我以后每次听到别人在大谈某些研究课题的灿烂前景而实际上却根本不是那么回事的时候, 我都不由自主的默念一句"鸡爪和鸡屎", 有时甚至忍不住会说出来~

后来我回想了一下我到目前为止的那点工作, 简直全是"鸡爪和鸡屎", 如果拿去申请什么, 肯定落得"本年度最恶心XXX"的悲惨评价. 当然, 我没有那么作因为我仅仅是个学生. 但是每天都在跟踪和重复别人的研究, "捡拾剩菜", 真得让我觉得没有一点"做科学"的心情.

抱怨没用, 还是认真学把~

A good botany garden (北京世界花卉大观园)

Yesterday we paid a visit to a botany garden at Fengtai District, Beijing. It's indeed very good, much better that the botany garden in Haidian District, although the latter is much more famous.

这个地方叫北京世界花卉大观园, 在丰台区, 南三环和南四环之间. 2004年开张, 占地47公顷, 可谓相当大了. 与北京植物园相比, 优胜之处在于它有很多大型植物温室, 使得植物能够在良好稳定的环境中旺盛生长, 并且园艺布景也非常讲究, 所以其观赏效果远远强于北京植物园.

缺点吗, 就是修建与维护成本高, 导致票价高昂 (80人民币)

我最感兴趣的就是其中心热带植物温室, 下图为其一角. 中央那颗瓶子树非常巨大, 而且是从巴西运来的.

另外, 植物组织培养工场作为其现代化的象征也向游人开放. 下面是图:

A École Polytechnique

I have just been told by my close friend, Li Xiaoxin, that he is admitted to École Polytechnique in France.

重大消息! 我的好哥们儿\高中同学李晓昕今天告诉我他被法国理工大学录取, 准备去那里读工程学博士. 他女朋友也将同时去巴黎六大读计算机代数方面的博士学位.

我为他们能在人生之路上迈出如此重要而又光辉的一步而由衷感到高兴和骄傲! 祝他们能在成功的道路上越走越顺利!

而对于我, 我想这或许是个刺激吧! 不过没什么, 当初的选择上的差异已经得到显著放大, 鸿沟已经铸就, 但并非不可逾越.

虽然现时不是那么容易更改, 但我的确一直在努力, "在为了远大的理想而卑微的活着".

凤凰岭中见到的佛塔

凤凰岭中有几座佛塔矗立在山林之中, 透露着满身的沧桑以及鲜为人知的历史. 这些残存在荒山之中的古代遗迹深深的吸引了我的注意力.

另外, 几年前我去小五台山时还见到了类似的图2的佛塔, 似乎它们是僧人的墓葬? 它们基部都有被毁坏和掘开的痕迹.

这座位于上方寺旁, 名曰玲珑塔.

这座名曰密宗塔.

这座塔也在凤凰岭, 但不是我拍的. 来源于农大BBS上ID为"方解石"的同学的帖子, 于是转在这里了.

New article on bioinformatics software plugin

Just now I spotted a new paper describing a plugin to Cytoscape, the famous Java-based bioinformatics software system. Its name is Cerebral and it's about gene network. Together with BiNGO (for Cytoscape) and SynView (for generic genome browser), I have seen three Application Notes on software plugins!

Maybe it's good idea to get involved in an open source project like GMOD or Cytoscape, and in one hand, one will get trained in systemized software engineering (which is different from personal development), in the other, publishing paper is at least possible.

I have started learning Java and I think I can be involved in it.

五一节去京郊凤凰岭登山

昨天去凤凰岭登山了. 六年前的春天, 我同我的本科同班同学们一起在这里渡过了难忘的一天. 昨天算是故地重游了, 难免触景生情, 故贴出照片以表怀念!

古刹银杏

晴朗碧蓝的天空, 在镜头里有些失真, 变成深蓝, 更好看了


上方寺古迹, 据说可追溯到元代 (大殿前的石阶)